騎士團直到1530年才擁有自己的領土，當時大團長菲利普·德·維利耶（fra'' philippe de villiers de l''isle adam）占領了馬耳他島（malta）。
該島是由神聖羅馬皇帝查理五世和他的母親卡斯蒂利亞女王瓊娜（queen joanna of castile）以西西裏國王的身份授予騎士團的，得到了教皇克萊門特七世（pope clement vii）的批準，騎士團因此需遵守《馬耳他獵鷹的貢品》（tribute of the maltese falcon）的條件。
在1565年，騎士們在大團長讓·德·瓦萊特（fra'' jean de valette，曾在土耳其船上和德拉古特一起劃槳）的領導下，成功防禦了奧斯曼帝國的圍攻，持續了三個多月。
騎士團的艦隊在1571年的萊班托海戰（battle of lepanto）中對奧斯曼海軍力量的最終摧毀做出了貢獻，該戰役由西班牙國王菲利普二世（king philip ii of spain）的異母兄弟奧地利的約翰（john of austria）指揮。
宗教改革將西歐分裂為新教和天主教國家，對騎士團也產生了影響。
在包括英格蘭、蘇格蘭和瑞典在內的多個國家，騎士團解散。
在其他國家，如荷蘭和德國，部分司法區或指揮部（騎士團的行政區劃）經曆了新教轉變。
這些“約翰騎士團”在德國、荷蘭、瑞典以及包括美國和南非在內的許多其他國家存續下來。
騎士團被確立為在任何基督教國家之間的戰爭中保持中立。
從1651年到1665年，騎士團統治了加勒比海的四個島嶼。
在1651年5月21日，它購買了聖巴瑟米島（saint barthélemy）、聖基督山（saint christopher）、聖克魯瓦島（saint croix）和聖馬丁島（saint martin）。
這些島嶼是從剛剛解散的法國外島公司（pagnie des ?les de l''amérique）手中購買的。
到1665年，這四個島嶼被出售給了法國西印度公司（french west india pany）。
---
1798年，拿破侖領導法國占領馬耳他。
拿破侖要求大團長費迪南德·馮·霍姆佩施·祖·博爾海姆（ferdinand von hompesch zu bolheim）允許他的艦船進入港口，補給水和物資。
大團長迴複說，每次隻能允許兩艘外國船隻進入港口。
拿破侖意識到這一程序將耗費時間，令他的軍隊暴露在英國海軍上將霍雷肖·納爾遜（admiral horatio nelson）麵前，於是立即下令對馬耳他發起炮擊。
法國士兵於6月11日早晨在七個登陸點登陸馬耳他並發動攻擊。
經過數小時的激烈戰鬥，西部的馬耳他人被迫投降。
拿破侖與堡壘首都瓦萊塔（valletta）展開談判。
麵對遠遠強於自己的法國軍隊和西馬耳他的失守，大團長同意投降。
霍姆佩施於6月18日離開馬耳他前往的裏雅斯特（trieste）。
他於1799年7月6日辭去大團長職務。
騎士們雖然分散，但騎士團依然以減弱的形式存在，並與歐洲各國政府談判，尋求在德意誌中介化過程中重新獲得權力。
俄羅斯皇帝保羅一世（paul i）為最多騎士提供了在聖彼得堡（saint petersburg）的庇護，這一舉動催生了俄羅斯的騎士醫院傳統，以及騎士團在俄羅斯帝國騎士團中的認可。
在聖彼得堡的難民騎士們選舉保羅沙皇為他們的大團長，這使得他成為霍姆佩施大團長的競爭對手，直到霍姆佩施退位，使保羅成為唯一的大團長。
保羅一世除了天主教大優先區外，還創建了一個“俄羅斯大優先區”，其下有不低於118個指揮部，規模龐大且向所有基督徒開放。
然而，保羅作為大團長的選舉從未在天主教教規下得到確認，他實際上是騎士團的事實上的大團長，而非法理上的。
到19世紀初，騎士團因失去在歐洲的優先區而嚴重削弱。
騎士團收入的僅10%來自傳統的歐洲來源，其餘90%由俄羅斯大優先區生成，直到1810年。
這部分體現在1805年至1879年間，騎士團的治理由副官而非大團長負責，直到教皇利奧十三世（pope leo xiii）恢複了大團長職務。
這標誌著騎士團作為人道主義和宗教組織的複興。
1806年9月19日，瑞典政府向騎士團提供了哥特蘭島（gond）的主權。
由於這意味著騎士團要放棄對馬耳他的主張，騎士團拒絕了這一提議。
---
法國占領馬耳他的軍隊將醫院騎士團驅逐出境。
在馬耳他被奪取與總和平之間的十七年間，“選舉一位兄弟首領以履行大團長的職務，從而保持這個主權機構的活力，這一形式上的工作得到了恪守”。
大團長的副手和臨時大團長職位由大執事（bailiff）長、索爾提科夫伯爵（counto soltikoff）、喬瓦尼·托馬西（giovanni tommasi）、德·加維拉（de gaevera）、喬瓦尼·耶·塞特內爾斯（giovanni y centelles）、德·坎迪達（de candida）和科洛雷多伯爵（count colloredo）擔任。
他們的任期持續到保羅皇帝於1801年去世。
《亞眠條約》（treaty of amiens，1802年）要求英國撤出馬耳他，馬耳他將被恢複給重新建立的聖約翰騎士團，其主權將由所有主要歐洲強國保障，並將在最終和平時確定。
然而，由於英國對該條約的異議，這一安排並未實現。
波拿巴拒絕了英國關於馬耳他十年租約的提議，促使英國重新激活對法國海岸的封鎖。
英國於5月18日對法國宣戰。
1802年的條約從未得到實施。
英國以法國在西印度群島、意大利和瑞士的帝國主義政策為由恢複了敵對行動。
---
1815 年維也納會議（congress of vienna）確認失去馬耳他。
短暫居住在墨西拿（messina）、卡塔尼亞（catania）和費拉拉ferrara）後，騎士團的總部於1826年遷至費拉拉，1834年遷至羅馬。
位於康多蒂路68號的騎士宮（magistral pce）和阿文蒂諾山（aventine hill）上的騎士別墅（magistral vi）享有治外法權。
從1839年到1841年，倫巴第-威尼托（lombardy-via）和西西裏（sicily）的大修道得以恢複。
教皇利奧十三世（pope leo xiii）在1879年恢複了大團長一職，結束了75年的空缺，確認喬瓦尼·巴蒂斯塔·切斯基（giovanni battista ceschi a santa croce）為恢複的馬耳他騎士團的首任大團長。
然而，這一時期失去馬耳他的領土並未影響騎士團的主動和被動外交權，這在法律上對國際地位的絕對延續具有重要意義，無論之前的領土所有權如何。
最初的醫院修會使命成為該騎士團的主要活動，並在 20 世紀變得越來越強大，尤其得益於世界許多國家的大修道院和國家協會所開展的活動的貢獻。
第一次世界大戰和第二次世界大戰期間，醫院和慈善活動在大團長盧多維科·奇吉·阿爾巴尼·德拉·羅韋雷（fra'' ludovico chigi albani de rovere，1931–1951）的領導下大規模展開。
在大團長安傑洛·德·莫雅納·迪·科隆納（fra'' angelo de mojana di cologna，1962–88）和安德魯·伯蒂（fra'' andrew bertie，1988–2008）的領導下，項目得到了擴展。
2013 年 2 月，該騎士團慶祝其獲得教皇承認 900 周年，與教皇本篤十六世舉行了公眾接見，並在聖彼得大教堂由紅衣主教塔西西奧·貝爾托內（cardinal tarcisio bertone）舉行了彌撒。
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騎士團在2016年12月開始經曆領導危機，當時阿爾布雷希特·馮·博澤拉傑（albrecht freiherr von boesger）抗議大團長馬修·費斯廷（fra'' matthew festing）將其解除大總理職務。
博澤拉傑因在緬甸的一個聯合慈善項目中發現其他援助團體分發避孕套而被解除職務，該項目旨在幫助性奴隸保護自己免受艾滋病的侵害。
2017年1月，教皇方濟各（pope francis）下令恢複博澤拉傑的職務，並要求費斯廷辭職。
方濟各還任命了喬瓦尼·貝基烏（giovanni biu）大主教（後來成為紅衣主教）作為他在騎士團的個人代表，邊緣化了騎士團的紅衣主教讚助人雷蒙德·伯克（raymond burke），直到選出新的大團長。
教皇有效地接管騎士團的舉動被一些人視為與傳統和騎士團獨立性的背離。
2017年5月，騎士團任命玻利維亞政府委員會成員毛羅·貝爾特羅·古鐵雷斯（mauro bertero gutiérrez）領導其憲法改革進程。
2017年6月，騎士團領導層在年會中穿著便服而非正式的全套軍服，打破了傳統。
2019年5月，騎士團全章會議首次有三名女性參與62名與會者。
2020年11月1日，教皇方濟各任命西爾瓦諾·托馬西（silvano tomasi）大主教（後來成為紅衣主教）取代貝基烏，成為其在騎士團的特別代表，重申了該職務作為其唯一代表的職責。
2022年9月3日，教皇方濟各公布了騎士團的新憲法，並對主權委員會進行了臨時任命。
他安排於2023年1月25日召開特別全章會議，以便在此期間對他的臨時任命進行常規任命。
1月26日，全章會議對主權委員會進行了六年任期的選舉，選出了與方濟各去年9月任命的四名成員相同的成員，以及他所命名的九名顧問中的六名。
2023年6月19日，教皇方濟各任命賈恩弗蘭科·基蘭達（gianfranco ghinda）紅衣主教接替伯克擔任騎士團的讚助人。
該島是由神聖羅馬皇帝查理五世和他的母親卡斯蒂利亞女王瓊娜（queen joanna of castile）以西西裏國王的身份授予騎士團的，得到了教皇克萊門特七世（pope clement vii）的批準，騎士團因此需遵守《馬耳他獵鷹的貢品》（tribute of the maltese falcon）的條件。
在1565年，騎士們在大團長讓·德·瓦萊特（fra'' jean de valette，曾在土耳其船上和德拉古特一起劃槳）的領導下，成功防禦了奧斯曼帝國的圍攻，持續了三個多月。
騎士團的艦隊在1571年的萊班托海戰（battle of lepanto）中對奧斯曼海軍力量的最終摧毀做出了貢獻，該戰役由西班牙國王菲利普二世（king philip ii of spain）的異母兄弟奧地利的約翰（john of austria）指揮。
宗教改革將西歐分裂為新教和天主教國家，對騎士團也產生了影響。
在包括英格蘭、蘇格蘭和瑞典在內的多個國家，騎士團解散。
在其他國家，如荷蘭和德國，部分司法區或指揮部（騎士團的行政區劃）經曆了新教轉變。
這些“約翰騎士團”在德國、荷蘭、瑞典以及包括美國和南非在內的許多其他國家存續下來。
騎士團被確立為在任何基督教國家之間的戰爭中保持中立。
從1651年到1665年，騎士團統治了加勒比海的四個島嶼。
在1651年5月21日，它購買了聖巴瑟米島（saint barthélemy）、聖基督山（saint christopher）、聖克魯瓦島（saint croix）和聖馬丁島（saint martin）。
這些島嶼是從剛剛解散的法國外島公司（pagnie des ?les de l''amérique）手中購買的。
到1665年，這四個島嶼被出售給了法國西印度公司（french west india pany）。
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1798年，拿破侖領導法國占領馬耳他。
拿破侖要求大團長費迪南德·馮·霍姆佩施·祖·博爾海姆（ferdinand von hompesch zu bolheim）允許他的艦船進入港口，補給水和物資。
大團長迴複說，每次隻能允許兩艘外國船隻進入港口。
拿破侖意識到這一程序將耗費時間，令他的軍隊暴露在英國海軍上將霍雷肖·納爾遜（admiral horatio nelson）麵前，於是立即下令對馬耳他發起炮擊。
法國士兵於6月11日早晨在七個登陸點登陸馬耳他並發動攻擊。
經過數小時的激烈戰鬥，西部的馬耳他人被迫投降。
拿破侖與堡壘首都瓦萊塔（valletta）展開談判。
麵對遠遠強於自己的法國軍隊和西馬耳他的失守，大團長同意投降。
霍姆佩施於6月18日離開馬耳他前往的裏雅斯特（trieste）。
他於1799年7月6日辭去大團長職務。
騎士們雖然分散，但騎士團依然以減弱的形式存在，並與歐洲各國政府談判，尋求在德意誌中介化過程中重新獲得權力。
俄羅斯皇帝保羅一世（paul i）為最多騎士提供了在聖彼得堡（saint petersburg）的庇護，這一舉動催生了俄羅斯的騎士醫院傳統，以及騎士團在俄羅斯帝國騎士團中的認可。
在聖彼得堡的難民騎士們選舉保羅沙皇為他們的大團長，這使得他成為霍姆佩施大團長的競爭對手，直到霍姆佩施退位，使保羅成為唯一的大團長。
保羅一世除了天主教大優先區外，還創建了一個“俄羅斯大優先區”，其下有不低於118個指揮部，規模龐大且向所有基督徒開放。
然而，保羅作為大團長的選舉從未在天主教教規下得到確認，他實際上是騎士團的事實上的大團長，而非法理上的。
到19世紀初，騎士團因失去在歐洲的優先區而嚴重削弱。
騎士團收入的僅10%來自傳統的歐洲來源，其餘90%由俄羅斯大優先區生成，直到1810年。
這部分體現在1805年至1879年間，騎士團的治理由副官而非大團長負責，直到教皇利奧十三世（pope leo xiii）恢複了大團長職務。
這標誌著騎士團作為人道主義和宗教組織的複興。
1806年9月19日，瑞典政府向騎士團提供了哥特蘭島（gond）的主權。
由於這意味著騎士團要放棄對馬耳他的主張，騎士團拒絕了這一提議。
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法國占領馬耳他的軍隊將醫院騎士團驅逐出境。
在馬耳他被奪取與總和平之間的十七年間，“選舉一位兄弟首領以履行大團長的職務，從而保持這個主權機構的活力，這一形式上的工作得到了恪守”。
大團長的副手和臨時大團長職位由大執事（bailiff）長、索爾提科夫伯爵（counto soltikoff）、喬瓦尼·托馬西（giovanni tommasi）、德·加維拉（de gaevera）、喬瓦尼·耶·塞特內爾斯（giovanni y centelles）、德·坎迪達（de candida）和科洛雷多伯爵（count colloredo）擔任。
他們的任期持續到保羅皇帝於1801年去世。
《亞眠條約》（treaty of amiens，1802年）要求英國撤出馬耳他，馬耳他將被恢複給重新建立的聖約翰騎士團，其主權將由所有主要歐洲強國保障，並將在最終和平時確定。
然而，由於英國對該條約的異議，這一安排並未實現。
波拿巴拒絕了英國關於馬耳他十年租約的提議，促使英國重新激活對法國海岸的封鎖。
英國於5月18日對法國宣戰。
1802年的條約從未得到實施。
英國以法國在西印度群島、意大利和瑞士的帝國主義政策為由恢複了敵對行動。
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1815 年維也納會議（congress of vienna）確認失去馬耳他。
短暫居住在墨西拿（messina）、卡塔尼亞（catania）和費拉拉ferrara）後，騎士團的總部於1826年遷至費拉拉，1834年遷至羅馬。
位於康多蒂路68號的騎士宮（magistral pce）和阿文蒂諾山（aventine hill）上的騎士別墅（magistral vi）享有治外法權。
從1839年到1841年，倫巴第-威尼托（lombardy-via）和西西裏（sicily）的大修道得以恢複。
教皇利奧十三世（pope leo xiii）在1879年恢複了大團長一職，結束了75年的空缺，確認喬瓦尼·巴蒂斯塔·切斯基（giovanni battista ceschi a santa croce）為恢複的馬耳他騎士團的首任大團長。
然而，這一時期失去馬耳他的領土並未影響騎士團的主動和被動外交權，這在法律上對國際地位的絕對延續具有重要意義，無論之前的領土所有權如何。
最初的醫院修會使命成為該騎士團的主要活動，並在 20 世紀變得越來越強大，尤其得益於世界許多國家的大修道院和國家協會所開展的活動的貢獻。
第一次世界大戰和第二次世界大戰期間，醫院和慈善活動在大團長盧多維科·奇吉·阿爾巴尼·德拉·羅韋雷（fra'' ludovico chigi albani de rovere，1931–1951）的領導下大規模展開。
在大團長安傑洛·德·莫雅納·迪·科隆納（fra'' angelo de mojana di cologna，1962–88）和安德魯·伯蒂（fra'' andrew bertie，1988–2008）的領導下，項目得到了擴展。
2013 年 2 月，該騎士團慶祝其獲得教皇承認 900 周年，與教皇本篤十六世舉行了公眾接見，並在聖彼得大教堂由紅衣主教塔西西奧·貝爾托內（cardinal tarcisio bertone）舉行了彌撒。
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騎士團在2016年12月開始經曆領導危機，當時阿爾布雷希特·馮·博澤拉傑（albrecht freiherr von boesger）抗議大團長馬修·費斯廷（fra'' matthew festing）將其解除大總理職務。
博澤拉傑因在緬甸的一個聯合慈善項目中發現其他援助團體分發避孕套而被解除職務，該項目旨在幫助性奴隸保護自己免受艾滋病的侵害。
2017年1月，教皇方濟各（pope francis）下令恢複博澤拉傑的職務，並要求費斯廷辭職。
方濟各還任命了喬瓦尼·貝基烏（giovanni biu）大主教（後來成為紅衣主教）作為他在騎士團的個人代表，邊緣化了騎士團的紅衣主教讚助人雷蒙德·伯克（raymond burke），直到選出新的大團長。
教皇有效地接管騎士團的舉動被一些人視為與傳統和騎士團獨立性的背離。
2017年5月，騎士團任命玻利維亞政府委員會成員毛羅·貝爾特羅·古鐵雷斯（mauro bertero gutiérrez）領導其憲法改革進程。
2017年6月，騎士團領導層在年會中穿著便服而非正式的全套軍服，打破了傳統。
2019年5月，騎士團全章會議首次有三名女性參與62名與會者。
2020年11月1日，教皇方濟各任命西爾瓦諾·托馬西（silvano tomasi）大主教（後來成為紅衣主教）取代貝基烏，成為其在騎士團的特別代表，重申了該職務作為其唯一代表的職責。
2022年9月3日，教皇方濟各公布了騎士團的新憲法，並對主權委員會進行了臨時任命。
他安排於2023年1月25日召開特別全章會議，以便在此期間對他的臨時任命進行常規任命。
1月26日，全章會議對主權委員會進行了六年任期的選舉，選出了與方濟各去年9月任命的四名成員相同的成員，以及他所命名的九名顧問中的六名。
2023年6月19日，教皇方濟各任命賈恩弗蘭科·基蘭達（gianfranco ghinda）紅衣主教接替伯克擔任騎士團的讚助人。